EEGLab

EEGLab - http://sccn.ucsd.edu/eeglab/

EEGLab jest narzędziem matlabowym do przetwarzania sygnałów EEG, MEG i innych elektrofizjologicznych danych używającym metody Niezależnych Zmiennych Składowych (ICA), analizy czasy/częstotliwości, (artifact rejection) i wielu metod wizualizacji danych.

Dlaczego EEGLab?
EEGLab posiada graficzny interfejs użytkownika (GUI), które pozwala użytkownikowi elastycznie i w sposób interaktywny przetwarzać sygnały EEG i inne dane mózgowe korzystając z metody niezależnych zmiennych składowych i/lub analizy czasu/częstotliwości (TFA - time/frequency analisys) tak dobrze jak inne standardowe metody. EEGLab dostarcza również sporo materiałów pomocniczych oraz tutoriali. Posiada także wiele metod wizualizacji i modelowania odnoszącego się do wydarzeń mózgowych. Dla doświadczonych użytkowników Matlaba, EEGLab oferuje środowisko programistyczne do przechowywania, manipulowania i konstruowania danych EEG. Ze względu na twórczość programistów EEGLab jest narzędziem opensourceowym, dzięki czemu deweloperzy mogą dzielić się ze światem naukowym nowymi metodami.

Cechy EEGLab

 * Graficzny interfejs użytkownika
 * Wieloformatowe dane wejściowe
 *  Scrollowanie danych o dużej gęstości
 * Zdefiniowana struktura danych EEG
 * Opensourceowe pluginy
 * Interaktywne funkcje rysujące
 * Zautomatyzowane usuwanie artefaktów
 * Wbudowane metody ICA i TFA
 * Przechwytywanie zdarzeń i lokacji kanałów

Obecnie:
 * 1) Instalacja EEGLab - zakończona pomyślnie
 * 2) Czytanie dokumentacji - dokumentacja dość obszerna, ciekawy tutorial
 * 3) Zapoznanie się z tutorialami

07.05.2008 Pierwsze wykresy danych na "małym" zbiorze z BCI Competition III. Pierwsza przeszkoda - wartości NaN, z którymi nie radzi sobie EEGLab.

Usunięto NaNy z danych, wbudowana metoda ICA poradziła sobie ze zbiorem 3b, z którego usunąłem NaNy (728755 x 2 macierz). Dane 3b nie nadają się do pracy z EEGLab ponieważ po usunięciu NaNów informacje o rozmieszczeniu sensorów nie zgadzają się z nowo powstałym zbiorem danych. Kolejna próba z danymi 4a.

Dane 4a są zbyt duże do badania. Szukanie innego zbioru...

08/05/2008 Analiza Fourierowska, czasoprzestrzenna...

Analiza Fourierowska:

27/05/2008 Udało się wygenerować lokacje dla danych z BCI Competition III



Kolejne dziwne zachowanie EEGLab. Po wygenerowaniu za pomocą funkcji pop_chanedit mapy lokacji kanałów nie można go wczytać do danych, na których została ona wygenerowana. Dziwny błąd mówi, że w pliku z lokacjami jest nieprawidłowa ilość kanałów - jest ich 118 czyli dokładnie tyle ile kanałów w pliku z danymi. Dziwne... Walczę dalej.

Kilka słów o wygenerowanej mapie lokacji. Na bazie labeli dostarczonych w pliku nfo do danych znajdowały się nazwy kanałów (np.: Fp1, AFp1, etc), które jak się okazało są standardowymi nazwami dla niektórych kanałów. Nie wszystkie nazwy są standardowe i dla niektórych kanałów nie można było ustawić współrzędnych.

28/05/2008 Wysłałem maile do ludzi od EEGLAB i BCI Competition III, ale niestety nikt nie był w stanie mi pomóc. Benjamin Blankertz z BCI Competition III niestety nie używał nigdy EEGLABa i jedyne o czym mówił to o pliku info, o którym już było mi wiadomo. Arnaud Delorme z EEGLAB nie był tak pomocny i napisał jedynie:

"EEGLAB only looks up standard 10-20 locations. For other format, you have to find the location file. A collection of location files is given at the web site below.

http://sccn.ucsd.edu/eeglab/channellocation.html

Good luck"

Poszukiwań ciąg dalszy...

31 maj 2008
Ostatecznie wybraliśmy zbiór V do analizy.